В ходе аудита рекомендуется исходить из оценки надежности средств внутреннего контроля как «низкой», если нет явных доказательств противоположного. При этом следует руководствоваться требованиями правила (стандарта) аудиторской деятельности «Существенность и аудиторский риск». Сотрудникам аудиторской организации рекомендуется в меньшей мере полагаться на средства контроля подлежащего проверке малого экономического субъекта, а в качестве основного способа сбора аудиторских доказательств использовать аудиторские процедуры по существу. На основе оценки внутрихозяйственного риска и риска средств контроля аудиторская организация определяет допустимый риск необнаружения. Для субъектов малого предпринимательства значение риска необнаружения обычно должно быть ниже, чем для средних и крупных экономических субъектов. Исходя из задачи минимизации риска необнаружения, аудиторской организации рекомендуется предусмотреть необходимое увеличение объема аудиторских выборок.

   Сомнительной представляется целесообразность перехода к бесплатному оказанию некоторых видов услуг, например бесплатный проезд на городском пассажирском транспорте, применяемый в некоторых регионах. Здесь происходит ослабление заинтересованности транспортных предприятий в увеличении перевозок и улучшении обслуживания пассажиров, поскольку утрачивается зависимость доходов от объема и качества оказанных услуг (финансирование местными органами затрат на содержание транспортного предприятия не зависит от объема выполняемых ими перевозок)